게놈 및 지도
데이터베이스
집회조립된 게놈의 구조, 조립 이름 및 기타 메타 데이터, 통계 보고서 및 게놈 시퀀스 데이터에 대한 링크에 대한 정보를 제공하는 데이터베이스입니다.
BioProject(구 게놈 프로젝트)유전체학, 기능적 유전체학 및 유전학 연구 모음과 결과 데이터 세트에 대한 링크. 이 리소스는 프로젝트 범위, 자료 및 목표를 설명하고 일관성 없는 주석, 여러 개의 독립적인 제출, 종종 다른 데이터베이스에 저장되는 다양한 데이터 유형의 다양한 특성으로 인해 찾기 어려운 데이터 세트를 검색하는 메커니즘을 제공합니다.
게놈 구조 변이 데이터베이스(dbVar)dbVar 데이터베이스는 대규모 삽입, 삭제, 전좌 및 반전을 포함하여 대규모 게놈 변이와 관련된 정보를 보관하기 위해 개발되었습니다. 변이 발견 보관 외에도 dbVar는 정의된 변이와 표현형 정보의 연관성도 저장합니다.
게놈1000개 이상의 유기체 전체 게놈의 서열 및 지도 데이터를 포함합니다. 게놈은 완전히 시퀀싱된 유기체와 시퀀싱이 진행 중인 유기체를 모두 나타냅니다. 생명의 세 가지 주요 영역(박테리아, 고세균 및 진핵생물)과 많은 바이러스, 파지, 바이로이드, 플라스미드 및 소기관이 모두 표시됩니다.
게놈 참조 컨소시엄(GRC)GRC(Genome Reference Consortium)는 인간 및 마우스 참조 게놈에 대한 책임을 유지합니다. 회원은 워싱턴 대학의 게놈 센터, Wellcome Trust Sanger Institute, 유럽 생물 정보학 연구소(EBI) 및 국립 생명 공학 정보 센터(NCBI)로 구성됩니다. GRC는 잘못 표현된 유전자좌를 수정하고 남아 있는 조립 간격을 좁히기 위해 노력합니다. 또한 GRC는 복잡하거나 구조적으로 변형된 게놈 유전자좌에 대한 대체 어셈블리를 제공하고자 합니다. GRC 웹사이트(http://www.genomereference.org)에서 일반인은 현재 검토 중인 게놈 영역을 보고 게놈 관련 문제를 보고하고 GRC에 문의할 수 있습니다.
HIV-1, 인간 단백질 상호작용 데이터베이스인간 숙주의 단백질과 HIV-1 단백질의 알려진 상호 작용 데이터베이스. 해당 PubMed 레코드 및 시퀀스 데이터에 대한 링크와 함께 단백질 상호 작용에 대한 게시된 보고서의 주석이 달린 참고 문헌을 제공합니다.
인플루엔자 바이러스NIAID Influenza Genome Sequencing Project 및 GenBank의 데이터 편집. 독감 서열 분석, 주석 및 GenBank 제출을 위한 도구를 제공합니다. 이 리소스에는 다른 독감 시퀀스 리소스, 출판물 및 독감 바이러스에 대한 일반 정보에 대한 링크도 있습니다.
NCBI 병원체 검출 프로젝트식품, 환경 및 환자 분리에서 유래한 박테리아 병원체 게놈 서열의 수집 및 분석과 관련된 프로젝트입니다. 현재 자동화된 파이프라인은 식인성 질병 발병 조사를 지원하고 식품 오염의 잠재적 원인을 발견하기 위해 주로 공중 보건 연구소에서 제공하는 시퀀스를 클러스터링하고 식별합니다.
뉴클레오티드 데이터베이스GenBank, RefSeq, TPA(Third Party Annotation) 데이터베이스 및 PDB를 비롯한 여러 출처의 뉴클레오티드 서열 모음입니다. Nucleotide Database를 검색하면 각 구성 요소 데이터베이스에서 사용 가능한 결과를 얻을 수 있습니다.
팝셋비교 연구에서 유래한 관련 DNA 염기서열의 데이터베이스: 계통발생, 개체군, 환경 및 정도는 덜하지만 돌연변이. 데이터베이스의 각 레코드는 일련의 DNA 시퀀스입니다. 예를 들어, 개체군 집합은 유기체 내의 유전적 변이에 대한 정보를 제공하는 반면, 계통 발생 집합은 여러 관련 유기체에서 얻은 단일 유전자의 서열 및 배열을 포함할 수 있습니다.
조사시약 배포자, 프로브 효율성 및 계산된 서열 유사성에 대한 정보와 함께 다양한 생의학 연구 응용 분야에서 사용하도록 설계된 핵산 시약의 공개 레지스트리입니다.
레트로바이러스 리소스쿼리 시퀀스의 유전자형을 식별하기 위해 BLAST 알고리즘을 사용하는 유전자형 분석 도구를 포함하여 레트로바이러스 연구를 지원하도록 특별히 설계된 리소스 모음입니다. 다중 서열의 전역 정렬을 위한 정렬 도구; HIV-1 자동 서열 주석 도구; GenBank, FASTA 및 그래픽 형식으로 볼 수 있는 수많은 레트로바이러스의 주석이 달린 지도와 관련 서열 기록에 대한 링크가 있습니다.
사스 코로나바이러스최신 시퀀스 데이터 및 간행물에 대한 링크, 기타 SARS 관련 리소스에 대한 링크, 다양한 분리주에서 사전 계산된 게놈 시퀀스 정렬을 포함하여 SARS 코로나바이러스(CoV)에 대한 데이터 요약입니다.
시퀀스 읽기 아카이브(SRA)SRA(Sequence Read Archive)는 Roche 454 GS System®, Illumina Genome Analyzer®, Life Technologies AB SOLiD System®, Helicos Biosciences Heliscope®, Complete Genomics® 및 Pacific Biosciences SMRT®를 포함한 차세대 시퀀싱 플랫폼의 시퀀싱 데이터를 저장합니다. .
추적 아카이브다양한 대규모 시퀀싱 프로젝트의 단일 패스 리드에 대한 DNA 시퀀스 크로마토그램(트레이스), 베이스 콜 및 품질 추정치의 저장소입니다.
바이러스 게놈바이러스의 생물학에 대한 간략한 요약, Entrez 게놈의 바이러스 게놈 서열에 대한 링크, 수천 개의 바이러스 게놈에 대한 참조 서열 모음인 바이러스 참조 서열에 대한 정보를 포함한 광범위한 리소스.
바이러스 변종Influenza Virus Resource를 다른 유기체로 확장하여 선택한 바이러스의 시퀀스 세트, 바이러스별 BLAST 페이지를 포함한 분석 도구 및 게놈 주석 파이프라인을 다운로드할 수 있는 인터페이스를 제공합니다.
다운로드
FTP: 게놈이 사이트에는 Entrez Genome의 유기체에 대한 게놈 서열 및 매핑 데이터가 포함되어 있습니다. 데이터는 단일 종 또는 종 그룹에 대한 디렉토리로 구성됩니다. 매핑 데이터는 MapView 디렉토리에 수집되며 종별로 구성됩니다. 자세한 내용은 루트 디렉토리의 README 파일과 종 하위 디렉토리의 README 파일을 참조하십시오.
FTP: 게놈 매핑 데이터해당 게놈의 현재 및 이전 빌드에 대해 사용 가능한 매핑 데이터를 포함하는 각 게놈에 대한 디렉토리를 포함합니다.
FTP: RefSeq이 사이트에는 참조 시퀀스(RefSeq) 컬렉션의 모든 뉴클레오티드 및 단백질 시퀀스 레코드가 포함되어 있습니다. ""release"" 디렉토리에는 전체 컬렉션의 최신 릴리스가 포함되어 있으며 선택된 유기체(예: 인간, 마우스 및 쥐)에 대한 데이터는 별도의 디렉토리에서 사용할 수 있습니다. 데이터는 FASTA 및 플랫 파일 형식으로 제공됩니다. 자세한 내용은 README 파일을 참조하십시오.
FTP: SKY/M-Fish 및 CGH 데이터이 사이트에는 ASN.1, XML 및 EasySKYCGH 형식의 SKY-CGH 데이터가 포함되어 있습니다. 자세한 내용은 skycghreadme.txt 파일을 참조하십시오.
FTP: 시퀀스 읽기 아카이브(SRA) 다운로드 기능이 사이트에는 제출된 시퀀싱 프로젝트로 구성된 차세대 시퀀싱 데이터가 포함되어 있습니다.
FTP: 추적 아카이브이 사이트에는 종별로 정리된 추적 크로마토그램 데이터가 포함되어 있습니다. 데이터에는 크로마토그램, 품질 점수, 자동 베이스 콜의 FASTA 시퀀스, 탭으로 구분된 텍스트 및 XML 형식의 기타 보조 정보가 포함됩니다. 자세한 내용은 README 파일을 참조하십시오.
FTP: 전체 게놈 Shotgun 시퀀스이 사이트에는 4자리 프로젝트 코드로 구성된 전체 게놈 샷건 시퀀스 데이터가 포함되어 있습니다. 데이터에는 GenBank 및 GenPept 플랫 파일, 품질 점수 및 요약 통계가 포함됩니다. 자세한 내용은 README.genbank.wgs 파일을 참조하십시오.
제출물
바이오프로젝트 제출연구원, 컨소시엄 및 조직이 BioProject를 등록할 수 있는 인터페이스를 제공하는 온라인 양식입니다. 이것은 연구를 위한 게놈 및 유전 데이터 제출을 위한 출발점 역할을 합니다. 데이터는 BioProject 등록 시 제출할 필요가 없습니다.
GenBank: tbl2asnSequin과 동일한 많은 기능을 사용하여 GenBank에 제출하기 위한 시퀀스 레코드 생성을 자동화하는 명령줄 프로그램입니다. 주로 완전한 게놈 및 대량의 시퀀스 배치를 제출하는 데 사용됩니다.
시퀀스 읽기 아카이브 제출이 링크는 SRA 데이터 제출자가 데이터에 대한 보안 NCBI FTP 사이트를 얻을 수 있는 방법을 설명하고 허용되는 데이터 형식 및 디렉토리 구조도 설명합니다.
제출 포털제출자가 NCBI의 모든 데이터 제출 프로세스에 대한 정보를 연결하고 찾을 수 있는 단일 진입점입니다. 현재 이것은 BioProjects 및 BioSamples 등록과 WGS 및 GTR에 대한 데이터 제출을 위한 인터페이스 역할을 합니다. 이 사이트에 대한 향후 추가가 계획되어 있습니다.
추적 아카이브 제출이 링크는 추적 데이터 제출자가 데이터에 대한 보안 NCBI FTP 사이트를 얻을 수 있는 방법을 설명하고 허용되는 데이터 형식 및 디렉토리 구조도 설명합니다.
도구
BLAST 미생물 게놈선택된 완전한 진핵 및 원핵 게놈에서 유사한 서열에 대한 BLAST 검색을 수행합니다.
BLAST RefSeqGeneRefSeqGene /LRG 세트 에서 게놈 서열의 BLAST 검색을 수행합니다 . 기본 디스플레이는 그래픽 디스플레이에서 정렬을 검토할 준비가 된 탐색을 제공합니다.
게놈 블래스트이 도구는 뉴클레오티드 또는 단백질 서열을 게놈 서열 데이터베이스와 비교하고 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool) 알고리즘을 사용하여 일치 항목의 통계적 유의성을 계산합니다.
게놈 데이터 뷰어(GDV)유전자, 발현, 변이 및 기타 주석의 포괄적인 검사와 함께 진핵 RefSeq 게놈 어셈블리의 대화형 탐색을 위한 게놈 브라우저입니다. GDV는 로드하기 쉬운 분석 트랙 사전 구성, 쉬운 표시 및 사용자 지정을 위한 데이터 트랙 메뉴를 제공하고 사용자 데이터의 업로드 및 분석을 지원합니다. 이 브라우저는 게시용 디스플레이 제작도 가능하게 합니다.
게놈 데코레이션 페이지어셈블리의 표의 문자 또는 시퀀스 표현에 대한 주석의 저널 품질 수치 생성을 지원하는 온라인 도구입니다.
게놈 리매핑 서비스NCBI의 Remap 도구를 사용하면 주석 데이터를 투사하고 염기별 분석을 통해 한 게놈 어셈블리에서 다른 게놈 어셈블리로 또는 RefSeqGene 시퀀스로 기능 위치를 변환할 수 있습니다. 리매핑의 엄격도를 조정할 수 있는 옵션이 제공되며 요약 결과가 웹 페이지에 표시됩니다. 전체 결과는 NCBI의 Genome Workbench 그래픽 뷰어에서 보기 위해 다운로드할 수 있으며 요약 데이터뿐만 아니라 재매핑된 기능에 대한 주석 데이터도 다운로드할 수 있습니다.
게놈 워크벤치시퀀스 데이터를 보고 분석하기 위한 통합 애플리케이션입니다. Genome Workbench를 사용하면 NCBI에서 공개적으로 사용 가능한 시퀀스 데이터베이스의 데이터를 보고 이 데이터를 자신의 데이터와 혼합할 수 있습니다.
표현형-유전자형 통합자(PheGenI)표현형, 염색체 위치, 유전자 및 SNP 식별자별 쿼리로 인간 표현형/유전자형 관계 찾기를 지원합니다. 현재 dbGaP, NHGRI GWAS 카탈로그 및 GTeX의 정보가 포함되어 있습니다. 다운로드를 위해 게놈, 시퀀스 또는 테이블에 결과를 표시합니다.
프로스플린게놈 뉴클레오티드 서열에 대한 단백질 정렬을 계산하기 위한 유틸리티입니다. 이것은 Needleman Wunsch 전역 정렬 알고리즘의 변형을 기반으로 하며 특히 인트론 및 스플라이스 신호를 설명합니다. 이 알고리즘으로 인해 ProSplign은 스플라이스 사이트를 정확하게 결정하고 시퀀싱 오류를 허용합니다.
시퀀스 뷰어뉴클레오티드 또는 단백질 서열의 구성 가능한 그래픽 디스플레이와 해당 서열에 주석이 달린 기능을 제공합니다. NCBI 시퀀스 데이터베이스 페이지에서 사용하는 것 외에도 이 뷰어는 포함 가능한 웹 페이지 구성 요소로 사용할 수 있습니다. 자신의 페이지에 뷰어를 삽입하려는 개발자는 API 참조 가이드를 포함한 자세한 문서 를 사용할 수 있습니다.
스플라인cDNA-to-Genomic 서열 정렬을 계산하기 위한 유틸리티입니다. 이것은 Needleman-Wunsch 전역 정렬 알고리즘의 변형을 기반으로 하며 특히 인트론 및 스플라이스 신호를 설명합니다. 이 알고리즘으로 인해 Splign은 스플라이스 사이트를 정확하게 결정하고 시퀀싱 오류를 허용합니다.
변형 뷰어dbSNP, dbVar 및 ClinVar 데이터베이스에 나열된 게놈 변이를 검색하고 볼 수 있는 게놈 브라우저입니다. 염색체 위치, 유전자 기호, 표현형 또는 dbSNP 및 dbVar의 변형 ID를 사용하여 검색을 수행할 수 있습니다. 브라우저를 사용하면 주석이 달린 변동 테이블이 있는 동적 그래픽 시퀀스 뷰어에서 결과를 탐색할 수 있습니다.바이러스 유전자형 분석 도구이 도구는 바이러스 서열의 유전자형을 식별하는 데 도움이 됩니다. 창은 쿼리 시퀀스를 따라 슬라이드되고 각 창은 BLAST에 의해 특정 바이러스에 대한 각 참조 시퀀스와 비교됩니다.